En una prueba de paternidad de ADN, se comparan los alelos de un niño o niña con los del presunto padre biológico en varios marcadores genéticos. El ADN, que es único para cada individuo, contiene los alelos heredados de ambos padres.

Si la mayoría de estos alelos coincide en los marcadores analizados, la prueba puede determinar con una probabilidad superior al 99.99% que el hombre es el padre biológico del niño. La prueba no compara todos los genes, sino segmentos específicos de ADN, lo que permite una precisión muy alta sin alcanzar el 100% absoluto.